- El citoplasma de un protozoo contiene siempre pequeñas cavidades, las vacuolas digestivas, y, a veces, más grandes, las vacuolas contráctiles o pulsátiles que expulsan el agua cargada de desechos.
- El núcleo "dirige" las funciones de la célula. A veces hay un núcleo pequeño encargado de la reproducción y uno más grande regula la nutrición.
- Su membrana puede ser delgada y flexible (amiba) o, por el contrario, rígida como una concha (radiolares).
Según la forma de moverse se distinguen tres grupos principales de protozoos:
- Los flangelados tienen uno o varios "látigos" (flagelos) que mueven para nadar. Algunos están libres en el agua, como la noctiluca.
Otros son parásitos (tripanosomas)
- Los rizópodos se mueven formando protuberancias deformables (pseudópodos) en la dirección en que van. Los que son blandos (amiba) se deforman completamente. Otros extienden sus pseudópodos a través de agujeros de su caparazón (foramíferos).
- Finalmente, los infusorios o ciliados (paramecios) están cubiertos de cilios o pestañas vibrátiles cuyos movimientos coordinados les permiten nadar. Estos son más sensibles a las condiciones exteriores que los otros; por ejemplo, se acercan a las burbujas de aire mientras que huyen de las del gas carbónico. Más complejos que los otros protozoos, tienen una "boca" permanente, en vez de englobar sus alimentos entre dos pseudópodos como la amiba.
La mayoría de las veces la reproducción es asexual y se hace por división o por gemación: el núcleo se desdobla primero y seguidamente se divide el citoplasma.
En algunas especies (infusorios o ciliados) existe un proceso de reproducción sexual que se llama "conjugación", que no entraña la multiplicación, sino solamente la renovación del individuo: dos medias células diferentes entre si se unen, produciendo una renovación de la parte nuclear.
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