- El citoplasma de un protozoo contiene siempre pequeñas cavidades, las vacuolas digestivas, y, a veces, más grandes, las vacuolas contráctiles o pulsátiles que expulsan el agua cargada de desechos.
- El núcleo "dirige" las funciones de la célula. A veces hay un núcleo pequeño encargado de la reproducción y uno más grande regula la nutrición.
- Su membrana puede ser delgada y flexible (amiba) o, por el contrario, rígida como una concha (radiolares).
Según la forma de moverse se distinguen tres grupos principales de protozoos:
- Los flangelados tienen uno o varios "látigos" (flagelos) que mueven para nadar. Algunos están libres en el agua, como la noctiluca.
Otros son parásitos (tripanosomas)
- Los rizópodos se mueven formando protuberancias deformables (pseudópodos) en la dirección en que van. Los que son blandos (amiba) se deforman completamente. Otros extienden sus pseudópodos a través de agujeros de su caparazón (foramíferos).

La mayoría de las veces la reproducción es asexual y se hace por división o por gemación: el núcleo se desdobla primero y seguidamente se divide el citoplasma.
En algunas especies (infusorios o ciliados) existe un proceso de reproducción sexual que se llama "conjugación", que no entraña la multiplicación, sino solamente la renovación del individuo: dos medias células diferentes entre si se unen, produciendo una renovación de la parte nuclear.
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